济宁市疾病预防控制中心为市卫生健康委所属正处级公益一类事业单位，挂济宁市卫生监督所、济宁市预防医学研究院、济宁市公共卫生检测检验中心、济宁市食品安全风险评估中心牌子，内设30个部室，核定编制279名，现有博士5名、硕士88名，首席专家3名、齐鲁卫生与健康杰出青年人才1名、山东省高层次公共卫生人才2名。设有泰山学者工作站和博士工作站各1处，省级公共卫生重点建设专科4个。现为山东大学、山东第一医科大学、华北理工大学、济宁医学院等高等院校的实践教学基地。

  2024年1月，在全省首创成立覆盖市县乡147家医疗卫生单位的济宁市公共卫生联盟。2024年3月，与中国疾控中心传染病所共建传染病实验室监测预警创新合作研究基地。2024年5月，与山东大学公共卫生学院共建“职业健康联合教研室”“公共卫生空间分析联合实验室”。2025年7月，成功入选“山东省省级区域公共卫生中心项目库”。主要履行疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测检验与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导、卫生健康监督执法等职责。不仅承担了全市疾病预防与控制的技术指导、卫生健康监督执法等业务工作，也在支援新疆、抗震救灾、大型活动应急保障等方面发挥了重要作用。中心连续多年被评为省级文明单位，先后被授予全省抗击新冠肺炎疫情先进集体、全省先进基层党组织、全省卫生健康工作先进集体、全国五四红旗团支部等荣誉称号。

  近年来，济宁市疾控中心不断完善疾病预防控制体系建设，持续提升核心业务能力。在实验室建设方面，投资6300余万元，在原中心实验室基础上改扩建成济宁市公共卫生检验检测中心，实验室用房建筑面积1.1万余平方米，新建生物信息学、细菌快速鉴定、基因测序、大气污染检测等实验室，主要分为微生物实验室、理化实验室、病媒生物实验室等。中心实验室顺利通过CMA资质认定，被确认为全省市级土食源性寄生虫病诊断实验室、全省首批市级疟疾诊断实验室，获批传染病预防控制、食品安全与健康风险评估预警、新发与罕见病原精准鉴定与溯源研究、重点寄生虫病传播机制与干预技术研究4个市级重点实验室。在信息化建设方面，投资1200余万元建成济宁市公共卫生监测预警指挥平台，综合运用大数据、人工智能等技术，构建起覆盖全市的疾病预防控制信息网络系统，实现传染病病例数据和症状监测数据的自动采集和智能预警。在疾病预防控制方面，重点传染病防控、免疫规划、公共卫生核心业务指标全面进入全省第一方阵，省级及以上慢性病示范区实现县（市、区）全覆盖。